يواصل الدكتور يوسف زيدان إثارة الجدل عبر تصريحاته المختلفة، التى تتعلق بالرمز العربية والإسلامية، ومؤخرا قال فى أحد البرامج الفضائية إن "المسجد الموجود فى مدينة القدس ليس هو المسجد الأقصى" وأضاف بـ "أن القدس ليس مكانًا مقدسًا"، وهذا ما جعل المؤرخون يصفونه بـ "خادم إسرائيل الأمين".
قال المؤرخ الكبير الدكتور عاصم الدسوقى، إن تصريحات الدكتور يوسف زيدان، بخصوص القدس والأقصى أو حتى الشخصيات والرموز القديمة ليست صحيحة، فهو غير دارس وغير متخصص، ويحمل الدكتوراه فى الفلسفة، ولا يعمل فى مجال البحث العلمى، فهو يخرج علينا بتصريحات باحثا عن إعجاب الإسرائيلينبه حتى يمنحونه جائزة نوبل، فالمعروف أن من يحصل على هذه الجائزة لابد أن يكون مؤيدا وداعما للحركة الصهيونية، ولهذا فهو "خادم إسرائيل الأمين" فى تلك المرحلة.
وأوضح الدكتور عاصم الدسوقى، فى تصريحات خاصة لـ "انفراد"، أن من يريد أن يتحدث فى هذه الأمور فهناك قواعد ثابتة لذلك منها أن يكون دارسا وأن يكون عاملا فى البحث العلمى، لكن من يتكلم فى هذه الأموار من باب الاجتهاد فكلامه لا يوصف إلا بـ "الهبل" ولهذا لا يؤخذ بكلامه وتصريحاته، وما يقوله يوسف زيدان ى مجرد من الأخلاق والعلم والدين، على حد قوله.
وعلق الدكتور أيمن فؤاد، أستاذ التاريخ الإسلامى، إن ما صرح به يوسف زيدان بأن المسجد الأقصى والقدس غير مقدسين،كلام غير متخصص ولا يستند إلى أبحاث علمية من الأساس، بل ولا يستطيع أن يثبت أن كلامه يعتمد على مرجع علمى يمكن لنا الرجوع إليه، وهدفه من وراء ذلك "الشهرة" فقط، وعادة من يقول ذلك يأتى بهذا الكلام من باحثين يهود وصهاينة هدفهم تزوير التاريخ لصالحهم، فكل ما يثار حول القدس والأقصى والشخصيات التاريخية والإسراء والمعارج جهل منهم.
وأوضح الدكتور أيمن فؤاد أن هناك أمورا مسلما بها فى القرآن الكريم مثل قوله تعالى"سُبْحَانَ الَّذِى أَسْرَىٰ بِعَبْدِهِ لَيْلًا مِّنَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ إِلَى الْمَسْجِدِ الْأَقْصَى الَّذِى بَارَكْنَا حَوْلَهُ لِنُرِيَهُ مِنْ آيَاتِنَا إِنَّهُ هُوَ السَّمِيعُ الْبَصِيرُ"، فأمر مسلم به لأنه شرط من شروط الإيمان، ومن يخالف ذلك لا يريد إلا أن يخدم المصالح الصهيونة.