تسبب المكملات الغذائية اضطراب في الجهاز الهضمى، حيث تؤدى الجرعات العالية منها إلى حدوث اضطرابات في المعدة والشعور بالقئ والغثيان، كما أنها تعمل على تلف الأعصاب إذا تم تناول جرعات كبيرة منها.
تؤدى المكملات إلى صعوبة النوم والتركيز بالإضافة إلى النزيف في الأنف، كما أنها تؤثر على فعالية المضادات الحيوية، حيث يمكن لمكملات الحديد والكالسيوم أن تقلل من فعالية المضادات الحيوية، بنسبة تصل إلى 40% بالإضافة إلى أنها تسبب الإسهال وآلام الأمعاء.
تتسبب المكملات أيضا في الإصابة بالتسمم وتساقط الشعر والإصابة بأمراض القلب، حيث أن تناول حمض الفوليك وفيتامين د قد يؤدى إلى إصابتك بمشاكل قلبية خطيرة، خاصة إذا تم تناوله بإفراط خلال فترة الحمل.