تعلم القرآن الكريم فى كتاب القرية على يد كبار الشيوخ بها، وكانت نشأته فى أسرة متدينة حريصة كل الحرص على تعاليم الدين والمحافظة على قيمه، ودفع به والده إلى كتاب القرية فى عمر خمس سنوات، وفى الكتاب نال إعجاب شيخه وانبهر به حتى أنه توقع له مستقبلا كبيرا فى دولة التلاوة، وأنه سيكون أحد سدنة القرآن فى القرن العشرين، ومرت السنوات وأتم «الطوخى» حفظ كتاب الله فى كتاب القرية، قبل أن يتم العاشرة من عمره، وصدقت توقعات شيخ الكتاب عن تلميذه «الطوخى» فسرعان ما بدأت بشائر النبوغ تظهر على «الطوخى»، وفى بداية الثلاثينيات انتظم مع الشيخ أحمد الدكرورى، وهو أحد كبار محفظى القرآن الكريم وتعهده الشيخ حتى حفظ كتاب الله بجميع الروايات، فى مدة اقتربت من العامين، بعدها استكمل «الطوخى» دراسته لعلم التجويد على يد الشيخ عبدالعليم محجوب، وعلى يد الشيخ مرسى الحريرى، أتقن «الطوخى» ضرب العود وقواعد اللغة العربية، بجانب إلقاء القصائد الشعرية، ما أهله للجمع بين الابتهالات والإنشاد الدينى وقراءة القرآن.
والتحق بالأزهر الشريف حيث منبع العلوم الشرعية والدينية، وهناك تعلم «الطوخى» كل هذه العلوم على يد علماء الأزهر آنذاك، وفى مقدمتهم الشيخ إبراهيم حسن والشيخ يوسف الروبى والشيخ محمد هنيدى، ولم يكن عمره قد تجاوز الرابعة عشرة، ثم بدأ «الطوخى» مشواره مع السهرات القرآنية بقريته ثم القرى المجاورة لها، حتى ذاع صيته فى مختلف أنحاء محافظة المنوفية، ومن ثم إلى محافظات مصر كلها، ثم كانت الانطلاقة من المحلية إلى العالمية حتى ذاع صيته فى الدول العربية والإسلامية، وظل هكذا بصوته الصافى، ينشد قصائد نادرة
وبعد فترة تقدم لاختبار القرآن الكريم بوزارة الأوقاف، وهناك استمع له الدكتور حسن حسين شحاتة، الأستاذ بكلية اللغة العربية بجامعة الأزهر الشريف، وطلب منه إحياء ليالى شهر رمضان عند «كامل بك عثمان» من أعيان مركز أبو قرقاص بمحافظة المنيا بصعيد مصر عام 1940، واستمر فى إحياء ليالى رمضان القرآنية بالصعيد لمدة ثمانى سنوات متتالية، حتى ذاع صيته فى محافظات الصعيد كله، وفى الأربعينيات وحتى بداية الخمسينيات حصل الشيخ على أعلى درجات اختبار وزارة الأوقاف،
وفى عام 1949م عين قارئا لمسجد السلطان «أبو العلا»، وكان الملك فاروق يستمع للشيخ الطوخى فى ذلك المسجد، والشيخ الطوخى له تسجيلات قرآنية عند محبيه ومعجبيه، ولكن هذه التسجيلات القرآنية القيمة الجميلة قليلة جدا، وله شرائط كثيرة فى الإنشاد الدينى موجودة فى المكتبات الدينية والعامة فى مصر وخارج مصر، بها أجمل وأحلى المديح النبوى بصوته الجميل المبهر وفيها يمدح سيدنا رسول الله، صلى الله عليه وسلم، من خصاله وسيرته العطرة الخالدة، وفى العام ذاته كان «الطوخى» يقرأ القرآن فى منزل حسين بك جلال، وأخيه عبدالله جلال، ببنى مزار واستمر حتى عام 1951، وفى عام 1952 انتقل إلى منزل الحاج رشوان بك عمدة العسيرات بمركز جرجا بمحافظة سوهاج فى صعيد مصر.
عمل الشيخ الطوخى رحمه الله بجانب تلاوته للقرآن الكريم والإنشاد الدينى مأذونا شرعيا، وقد مارس عمله كمأذون فى حى بولاق بالقاهرة.
تميز بحلاوة الصوت وجماله مع الإلمام بكل قواعد هذا الفن الجميل الذى يدعو إلى التمسك بكل المعانى السامية الجميلة الروحية والمستمدة من سير الأنبياء والمرسلين، وكذلك كل المعانى الجميلة فى الحياة والتى تغذى الأرواح الإنسانية عند سماعها. وقد التحق الشيخ محمد الطوخى بالإذاعة المصرية لإلقاء الابتهالات والإنشاد الدينى أما خارج الإذاعة فكان يقرأ القرآن فى المناسبات العامة، وفى المآتم وفى المساجد والليالى الرمضانية وغير ذلك فى الداخل والخارج، وهو من الأصوات الجميلة والموهوبة والخاشعة فى تلاوات القرآن الكريم.
أما فى الإذاعة المصرية فقد سجل مجموعة كبيرة من الابتهالات الدينية، منها السيرة المحمدية ودعاء الأنبياء ومدح الرسول وغيرها.
بعد اعتماده بالإذاعة سجل لها العديد من التسجيلات ومنها: السيرة المحمدية، أشعار أحمد المراغى، وأداء الفنانة: كريمة مختار وسعد الغزاوى ويوسف شتا، وأخرجها كمال النجار لإذاعة الشعب وأيضًا مجموعة من الأدعية لبرنامج «دعاء الأنبياء» الذى أخرجه فوزى خليل. فى عام 1946 أطلقت عليه الإذاعة لقب «المنشد» بعد أن سجل لها بعض التواشيح، وقد حصل الشيخ محمد الطوخى رحمه الله على العديد من شهادات التقدير فى تلاوة القرآن الكريم، وفى تعليمه وفى الابتهالات الدينية فقد كرم فى مصر والأردن والمغرب واليمن وأوغندا وزامبيا وغانا وإندونيسيا وباكستان ونيجيريا وفرنسا وغيرها بفضل جهوده فى تلاوة القرآن، وتعليمه لكثير من الأجيال والتى تعشق حفظ كتاب الله فى هذه الدول المذكورة وغير المذكورة.
فى عام 1944 أرسل له قيثارة السماء الشيخ محمد رفعت يخبره بأنه يريده فى أمر مهم، وعندما قابله بالفعل طلب منه الشيخ «رفعت»، أن يحل محله فى مسجد فاضل باشا للقراءة فيه، فرفض «الطوخى» فى بادئ الأمر، على اعتبار أنه كيف يجلس مكان الشيخ «رفعت» ووسط جمهوره لكن مع إصرار الشيخ محمد رفعت وافق الشيخ الطوخى، إرضاءً له، وعندما بدأت وزارة الإعلام إنشاء إذاعة القرآن الكريم عهد إليه الدكتور كامل البوهى مسؤول الإذاعة آنذاك، أن يؤدى النشيد الافتتاحى للإذاعة وحدث ذلك بالفعل، وظلت الإذاعة تفتتح بنشيد «الطوخى» طيلة عمر د.«البوهى» حتى توالت التسجيلات الإذاعية على الشيخ محمد الطوخى، والتى كانت أبرزها «سيرة الخلفاء الراشدين» رحلة طويلة قضاها «الطوخى» مع كتاب الله تعالى، مثل مصر فى العديد من الدول وفى مختلف المناسبات الدينية، وكانت سفرياته بدعوة من رؤساء وملوك الدول العربية والإسلامية، ففى عام 1977 سافر إلى دولة الإمارات العربية بدعوة رسمية من حكومتها، وهناك استقبله كبار رجال الدولة فى المطار، وسافر إلى الإمارات ثلاثة أعوام متتالية، وكان يحضر مجلسه فى التلاوة الرئيس والشيوخ والوزراء وكبار المسؤولين، وحصل «الطوخى» على العديد من شهادات التقدير من رئيس الدولة الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رحمه الله. وفى سنة 1979 وصلته دعوة من الحكومة التونسية للمشاركة فى الاحتفال النبوى الشريف بمسجد «عقبة بن نافع» وحصل «الطوخى» على أعلى شهادة تقدير من الدولة لأدائه الفريد فى التلاوة، وأسلوبه الراقى فى المديح النبوى والابتهالات الدينية، وفى عام 1990 كان أبرز ممثلى وزارة الأوقاف فى بعثتها للقدس الشريف لإحياء ليالى شهر رمضان المعظم، أيضًا دعاه الملك الحسن ملك المغرب رحمه الله فى المجالس الحسنية بدعوة شخصية منه، ونشأت صداقة بين «الملك» و«الطوخى» وحصل على العديد من الأوسمة والنياشين وشهادات التقدير.
رحلته مع الابتهالات الدينية والمدائح النبوية، بدأت بعد أن درس الموسيقى حتى عام 1960 مما زاد صوته تألقًا ونقاءً وصفاءً وجودة فى الأداء، حتى وصله خطاب من إدارة المعهد العالى للموسيقى يخطرونه فيه بأنه وقع عليه الاختيار كعضو بالمعهد العالى للموسيقى مما ساعده ذلك فى دراسة التواشيح والابتهالات الدينية، وعلم المقامات الموسيقية والإنشاد بالموسيقى. وفى عام 1944 أرسل له قيثارة السماء الشيخ محمد رفعت، يخبره بأنه يريده فى أمر مهم، وعندما قابله بالفعل طلب منه الشيخ «رفعت» أن يحل محله فى مسجد فاضل باشا للقراءة فيه، فرفض «الطوخى» فى بادئ الأمر،على اعتبار أنه كيف يجلس مكان الشيخ «رفعت» ووسط جمهوره لكن مع إصرار الشيخ محمد رفعت وافق الشيخ الطوخى، إرضاءً له، وعندما بدأت وزارة الإعلام إنشاء إذاعة القرآن الكريم، عهد إليه الدكتور كامل البوهى مسؤول الإذاعة آنذاك أن يؤدى النشيد الافتتاحى للإذاعة وحدث ذلك بالفعل، وظلت الإذاعة تفتتح بنشيد «الطوخى» طيلة عمر د.«البوهى» حتى توالت التسجيلات الإذاعية على الشيخ محمد الطوخى، والتى كانت أبرزها «سيرة الخلفاء الراشدين» رحلة طويلة قضاها «الطوخى» مع كتاب الله تعالى، مثل مصر فى العديد من الدول وفى مختلف المناسبات الدينية، وكانت سفرياته بدعوة من رؤساء وملوك الدول العربية والإسلامية، ففى عام 1977 سافر إلى دولة الإمارات العربية بدعوة رسمية من حكومتها، وهناك استقبله كبار رجال الدولة فى المطار، وسافر إلى الإمارات ثلاثة أعوام متتالية، وكان يحضر مجلسه فى التلاوة الأمير والوزراء وكبار المسؤولين، وحصل «الطوخى» على العديد من شهادات التقدير من أمير الدولة. وفى سنة 1979 وصلته دعوة من الحكومة التونسية للمشاركة فى الاحتفال النبوى الشريف بمسجد «عقبة بن نافع»، وحصل «الطوخى» على أعلى شهادة تقدير من الدولة لأدائه الفريد فى التلاوة وأسلوبه الراقى فى المديح النبوى والابتهالات الدينية. وفى عام 1990 كان أبرز ممثلى وزارة الأوقاف فى بعثتها للقدس الشريف لإحياء ليالى شهر رمضان المعظم، أيضًا دعاه الملك الحسن ملك المغرب رحمه الله فى المجالس الحسنية بدعوة شخصية منه، ونشأت صداقة بين «الملك» و«الطوخى» وحصل على العديد من الأوسمة والنياشين وشهادات التقدير.
وقد زار الشيخ محمد الطوخى، رحمه الله، دولا كثيرة لتلاوة القرآن الكريم وتعليمه، وكذلك إلقاء الابتهالات والأناشيد والتواشيح الدينية فى شهر رمضان وغيره من الشهور الأخرى بطلب من هذه الدول والتى تعشق تلاوته وتعليمه للقرآن الكريم وتعشق ابتهالاته الدينية، ومن هذه الدول التى زارها العراق وغانا ونيجيريا، والسودان، وماليزيا، وزامبيا، والجزائر، والمغرب، وتونس، وأوغندا، وباكستان، وإنجلترا، وفرنسا، وإندونيسيا، وماليزية، وقطر، والأردن، ومدغشقر، والسنغال، وجنوب أفريقيا وغيرها، وقد سجل لها مجموعة كبيرة من التسجيلات القرآنية، وكذلك مجموعة من التسجيلات من الابتهالات والتواشيح الدينية. وقد شارك الشيخ محمد الطوخى فى لجان تحكيم مسابقات القرآن الكريم فى الدول المذكورة وغيرها.
والشيخ الطوخى رحمه الله عاش فى الحياة متواضعا وكان رجلا كريما بمعنى الكلمة، وكان صاحب خلق كريم وصاحب مواقف وأعمال حميدة.
تميز رحمة الله عليه بالكرم والسخاء فكان لا يتأخر عن زيارة المرضى ومساعدتهم، وكذلك أصحاب الحاجات الأخرى من المساكين واليتامى وغيرهم، وكان يقرأ القرآن الكريم فى كثير من المناسبات عند الفقراء وغير الفقراء وكان لا يشترط على أحد فى تلاوة القرآن الكريم فكان يؤخذ بما فيه النصيب ويتصدق ببعض هذا المال للمحتاجين رحمه الله تعالى.
توفى الشيخ القارئ والمنشد محمد الطوخى يوم الجمعة الموافق 6 مارس عام 2009م، عن عمر يناهز السابعة والثمانين قضاها فى تلاوة القرآن الكريم وتعليمه وإلقاء الإنشاد الدينى فى الداخل والخارج، وكذلك فى مهنة المأذونية والوعظ والإرشاد فى المساجد فى مصر والخارج وقد كرمته منطقة عين شمس عام 1985م فى مسجد محمد أغا عندما لبى الدعوة فى الاحتفال بمولد النبى، صلى الله عليه وسلم، مع مجموعة من شيوخ الأزهر، وبتلبية من أهل المنطقة لسماع تلاوته العطرة
بعد اعتماده بالإذاعة سجل لها العديد من التسجيلات ونذكر منها: السيرة المحمدية، أشعار أحمد المراغى، وأداء الفنانة: كريمة مختار وسعد الغزاوى ويوسف شتا، وأخرجها كمال النجار لإذاعة الشعب، وأيضًا مجموعة من الأدعية لبرنامج «دعاء الأنبياء» الذى أخرجه فوزى خليل. فى عام 1946 أطلقت عليه الإذاعة لقب «المنشد» بعد أن سجل لها بعض التواشيح. وسجلت الإذاعة له ما يقرب من 22 ابتهالًا دينيًا وعشرة موشحات، ثم تسعة تواشيح على الموسيقى، بجانب السيرة المحمدية،
ويعد ابتهال «العلم يحلو كلما قررته»، من الروائع التى قدمها الشيخ محمد الطوخى، والتى ارتبطت بأذهان الكثير من محبى الإنشاد الدينى، بجانب بعض الابتهالات الأخرى ومنها:
- من لى سواك إله الخلق يهدينى
- يحن إلى أرض الحجاز فؤادى
- من ها هنا بحر الشريعة قد جرى
- يا نور يوم ولدت قامت عزة
- ماشى فى نور الله